単身赴任の時に会社が払う費用は・・。

（1）については福利厚生費として認められます。

（2）についは個人的費用ですので、給与として取り扱われます。

（3）については、職務出張のついでに自宅に立ち寄る程度といった場合は給与として扱われることはありませんが、職務出張に付随しない単なる帰宅旅費や、帰宅日の期間が「職務出張に付随するもの」の範囲を超えているものについては、給与として取り扱われると思われます。