社長の出身校に寄附をしましたが・・？

社長に対する賞与として取り扱われます。

法人税法上、国又は地方公共団体（以下「国等」）に対する寄附金は、原則、その全額が損金の額に算入されます。
国立又は公立の学校等の施設の新設又は増設について寄附を行った場合には、国等に対する寄附金として認められます。

しかしこの場合は、貴社がその県立高校に対して寄附金を支出する理由はなく、単に代表者の出身校という理由で寄附したように見うけられます。
つまり個人として負担すべき寄附金を会社が支出したということになりますので、このような寄附金は損金に算入されず、代表者に対する賞与として扱われます。

なお、この寄附金は、所得税法上、寄附金控除が受けられますので、代表者は確定申告をすればその適用を受けることができます。