売上計上の基準は変更できますか？

継続適用を条件に認められます。

棚卸資産の収益計上時期は、相手方に商品を「引き渡した日」とされています。この「引き渡した日」は出荷した日や検収した日など相手方において使用収益が出来ることとなった日などによることとされています。

法人が取引先ごとに異なる収益計上基準を適用しても、その選択した基準に係る「引き渡し日」が棚卸資産の種類および性質、契約の内容に応じ合理的であり、かつ、その選択を継続適用する場合は、その会計処理が認められます。

ご質問の場合は、通常出荷の日で請求書を発行していると思われますが、請求書の発行が通常と異なるA社についてのみ検収基準を適用することは、合理的理由があると考えられますので、継続適用を条件に認められます。